《金山毒霸2006》除了继承《金山毒霸2005》的“主动实时升级、抢先启动防毒系统、主动漏洞修复”等国际领先功能外，在反间谍技术方面也取得了重大突破，对于灰色软件、恶意共享软件、广告软件等都能起到很好的隔离效果；同时，《金山毒霸2006》还是一款兼容32位系统的64位杀毒软件，可顺畅运行在微软64位操作系统中。随着手机病毒的日益盛行，《金山毒霸2006》还添加了手机版杀毒软件，不仅可以通过电脑查杀各种流行的手机病毒，而且还可以直接装载到手机中，随时随地保证用户的手机安全。